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VirtualFlow

VirtualFlow 是由哈佛大学医学院牵头研发的全新开源药物发现平台，旨在利用高性能计算能力并行筛选潜在的有机化合物结构，以寻找有希望的新药物分子。

注意事项：

  • 输入文件为.pdbqt格式的蛋白文件。
  • Docking参数设置，可参考具体对接程序的文档。
  • VirtualFlow额外运行控制参数设置，参考all.ctrl。

一. 模板提交​

Step 1. 在应用中心搜索VirtualFlow软件，申请后请联系客服同意；

Step 2. 选择可视化模板提交;

Step 3. 上传靶标文件（Docking计算用的蛋白文件，pdbqt格式）；

Step 4. 选择硬件配置；

  • 节点数量：设置启动多少个并行计算的计算节点。
  • 内存配比：设置各个计算节点内存大小为单节点核心数×内存配比。

Step 5. 查看作业内容汇总，并提交作业；

Step 6. 通过作业管理查看运行中的作业；

二. 后置处理失败​

模板提交后出现后置处理失败报错情况，可通过以下步骤解决。

Step 1. 查看控制台上运行的工作目录，通过输出文件，日志文件等皆可查看（如：/home/cloudam/jobs/vf-demo/vf-demo_1611973330533）;

Step 2. 通过SSH连接创建并连接管理节点;

Step 3. 手动执行后置处理命令;

cd /home/cloudam/jobs/vf-demo/vf-demo_1611973330533
chmod 755 .postProcess.sh
rm -rf out/*
./.postProcess.sh