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Gaussian

Gaussian是一个功能强大的量子化学综合软件包。其可执行程序可在不同型号的大型计算机，超级计算机，工作站和个人计算机上运行，并相应有不同的版本。

注意事项：

  • Gaussian 为商业软件，无法在应用中心直接搜索使用，需要向软件厂商购买授权使用，如需使用集群上的 Gaussian，需要向销售经理充分沟通，并附上购买 Gaussian 的许可证明。
  • 检查本地gaussian待计算输入文件，输入文件为.com，.gjf等常见格式。
  • 检查输入文件中是否包含cpu，内存等配置信息，如果有，则需要先删除对应的行。
  • 检查输入文件中chk文件的路径是否正确，北鲲云平台为Linux集群，若chk文件路径为Windows路径需修改为相对路径。

如下面的输入文件input.com:

修改后如下图：

一. 模板提交​

Step 1. 在应用中心搜索gaussian软件，申请后请联系客服同意；

Step 2.选择可视化模板提交；

Step 3. 点击输入文件列表，可以批量上传多个输入文件同时计算，软件版本包含16A及09A版本，选择对应的版本；

Step 4. 选择硬件配置；

  • 节点数量：设置启动多少个并行计算的计算节点。

  • 内存配比：设置各个计算节点内存大小为单节点核心数×内存配比。

Step 5. 查看作业内容汇总，并提交作业；

Step 6. 通过作业管理查看运行中的作业；

二. 命令行提交​

命令行提交注意事项

  • 输入文件开头需要指定计算要使用的核心数。
  • 输入文件开头需要指定chk文件的路径为相对路径。
  • 下面案例指定使用 c-16-1 的节点运行，输入文件开头示例：

Step 1. 通过SSH连接创建并连接管理节点。

Step 2. 创建作业目录并进入；

mkdir gaussianJob1
cd gaussianJob1

Step 3. 通过文件传输上传所需的输入文件，详情请查看Linux数据传输；

Step 4. 在该文件夹下创建如下执行脚本gaussian.sh：

#!/bin/bash
export PATH=/public/software/.local/easybuild/software/gaussian/Gaussian_16/g16:$PATH
export g16ROOT=/public/software/.local/easybuild/software/gaussian/Gaussian_16/g16
export PATH=$g16ROOT:$PATH
source $g16ROOT/bsd/g16.profile
export GAUSS_SCRDIR=${pwd}/tmp
export GAUSS_EXEDIR=$g16ROOT

mkdir -p ${pwd}/tmp

srun g16 1.gjf

Step 5. 提交作业；

提交任务到一个16核心的节点运行。

sbatch -N 1 -p c-16-1 -n 1 -c 16 gaussian.sh

查看作业运行情况及参数详细介绍请点击查看slurm命令。

结果文件下载请查看Linux数据传输。

点击下载以上作业样例：Gaussian.zip

三. GaussView 6对结果进行图形化展示​

Step 1. 应用中心搜索GaussView 6；

Step 2. 点击提交作业，选择图形界面提交；

Step 3. 选择硬件配置并启动；

Step 4. 通过VNC连接启动的linux工作站，使用软件；