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NAMD

NAMD是并行分子动力学代码，旨在对大型生物分子系统进行高性能仿真。基于Charm ++并行对象，对于典型的仿真，NAMD可以扩展到数百个内核，对于最大的仿真，可以扩展到200,000个内核。

一. 模板提交​

Step 1. 在应用中心搜索NAMD软件，申请后请联系客服同意,部分软件无需申请即可提交作业；

Step 2. 选择可视化模板提交；

Step 3. 点击输入文件列表上传文件，必须至少包含.namd文件；

Step 4. 选择硬件配置；

  • 节点数量：设置启动多少个并行计算的计算节点。

  • 内存配比：设置各个计算节点内存大小为单节点核心数×内存配比。

Step 5. 查看作业内容汇总，并提交作业；

Step 6. 通过作业管理查看运行中的作业；

二. 命令行提交​

通过SSH连接创建并连接管理节点。

Step 1. 创建作业目录并进入；

mkdir namdJob1
cd namdJob1

Step 2. 通过文件传输上传所需的输入文件，详情请查看Linux数据传输；

Step 3. 在该文件夹下创建如下执行脚本namd.sh：

#!/bin/bash
module add  NAMD/2.13-intel-2018b-mpi
ulimit -s unlimited
ulimit -l unlimited
mpirun  namd2 apoa1.namd

Step 3. 提交作业；

2个4核心节点启动8个并行任务。

sbatch -N 2 -p c-4-1 -n 8 -c 1 namd.sh

查看作业运行情况及参数详细介绍请点击查看slurm命令。

结果文件下载请查看Linux数据传输。

点击下载以上作业样例：NAMD.zip。