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AutoDock-Vina

AutoDock-Vina 是用于分子对接和虚拟筛选的开源程序，由Scripps研究所分子图形实验室的Oleg Trott博士设计和实现，是目前使用最为广泛的分子对接软件之一。

注意事项

  • 输入文件为.pdb格式的蛋白文件。
  • 其它文件（配体分子库）要求是由多个sdf文件打成的tar包，一个sdf文件只能包含一个分子。

  • 最佳打分数量默认为3，可自定义设置。

一. 模板提交​

Step 1. 在应用中心搜索 Autodock & AutoDock Vina 软件，申请后请联系客服同意；

Step 2.选择可视化模板提交；

Step 3. 上传靶标文件，配体分子库文件；

Step 4. 选择硬件配置；

  • 节点数量：设置启动多少个并行计算的计算节点。

  • 内存配比：设置各个计算节点内存大小为单节点核心数×内存配比。

Step 5. 查看作业内容汇总，并提交作业；

Step 6. 通过作业管理查看运行中的作业；

二. 命令行提交​

通过SSH连接创建并连接管理节点。

Step 1. 创建作业目录并进入；

mkdir AutodockVinaJob1
cd AutodockVinaJob1

Step 2. 通过文件传输上传所需的输入文件，详情请查看Linux数据传输；

Step 3. 在该文件夹下创建如下执行脚本AutoDockVina.sh：

#!/bin/bash
#转换蛋白和分子文件格式
module add Anaconda3
source activate rdkit                        #加载obabel软件
obabel -ipdb 3ruk.pdb -opdbqt -xr -O 3ruk.pdbqt   #转换蛋白文件格式
obabel -isdf abi0.sdf -opdbqt -O abi0.pdbqt   #转换分子文件格式
#加载分子对接软件
module add AutoDock/4.2.5.1-GCC-5.2.0
module add AutoDock-Vina/1.2.3-foss-2021a
export VFVS_ROOT=/public/software/.local/easybuild/software/virtualflow
export PATH=$VFVS_ROOT/vfvs/tools/bin:$PATH
#执行对接命令
vina --config config.txt --ligand abi0.pdbqt --out vina-abi0.pdbqt --log vina-abi0.log

Step 4. 提交作业；

2个4核心节点启动8个并行任务，每个任务使用1个cpu核心。

sbatch -N 1 -p c-4-1 -n 4 -c 1  AutoDockVina.sh

查看作业运行情况及参数详细介绍请点击查看slurm命令。

结果文件下载请查看Linux数据传输。

三. AutoDockTools​

AutoDockTools 是为了能让用户更方便地使用 AutoDock 而开发的带图形用户界面的配套软件。使用AutoDockTools，可以免去输入 Linux 命令的麻烦，快速上手操作 AutoDock。

Step 1. 应用中心搜索AutoDockTools；

Step 2. 点击提交作业，选择图形界面提交；

Step 3. 启动AutoDockTools，选择硬件配置并启动；

Step 4. 通过VNC连接启动的linux工作站，使用软件；