gmx_MMPBSA

gmx_MMPBSA是一种基于AMBER的MMPBSA.py开发的新工具，旨在使用GROMACS文件执行端态自由能计算，它与所有GROMACS版本以及AmberTools20或21一起使用，与现有程序相比，它在兼容性、多功能性、分析和并行化方面都有改进，gmx_MMPBSA支持多种不同的系统，包括但不限于：蛋白质、蛋白质配体、蛋白质DNA、金属蛋白肽、蛋白聚糖、膜蛋白、 多组分系统（例如，蛋白质DNA RNA离子配体）

一. 命令行提交

通过SSH连接创建并连接管理节点。

Step 1. 创建作业目录并进入；

mkdir gmxMMPBSAJob1
cd gmxMMPBSAJob1

Step 2. 通过文件传输上传相关输入文件，详情请查看Linux数据传输；

Step 3. 在该文件夹下创建如下执行脚本gmx_MMPBSA.sh：

#!/bin/bash
module add Anaconda3       #加载Anaconda3软件
source activate gmxMMPBSA  #激活gmxMMPBSA环境
mpirun -np 96 -v -mca btl_tcp_if_include eth0 gmx_MMPBSA MPI -O -i mmpbsa.in -cs md.tpr -ci index.ndx -cg 1 13 -ct md_noPBC.xtc -cp topol.top -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -eo FINAL_RESULTS_MMPBSA.csv -deo deo.csv #运行程序        

Step 4. 使用sbatch命令提交作业；

提交任务到6台16核心的节点，启动96个并行任务进行计算。

sbatch -N 6 -p c-16-1 -n 96 -c 1 gmx_MMPBSA.sh

查看作业运行情况及参数详细介绍请点击查看slurm命令。

结果文件下载请查看Linux数据传输。

点击下载以上作业样例：gmxMMPBSA.zip