yank

本示例说明如何在云超算平台上运行作业，平台目前支持两百多种软件，您可根据自己的需求选择自己所需的软件和计算文件；本次使用软件是以yank为例，CUDA（Compute Unified Device Architecture），是显卡厂商NVIDIA推出的运算平台。 CUDA™是一种由NVIDIA推出的通用并行计算架构，该架构使GPU能够解决复杂的计算问题。

本页目录

作业配置

输入文件	无
软件版本	CUDA 10.0.130 总进程数：1 单节点使用CPU核数：4
命令	sbatch -N 1 -n 1 -p g-t4-1 demo-yank.sh
建议硬件	白鲸/1卡4核15G/1节点数

作业提交方式

本软件的作业提交方式有三种，分别为界面提交，命令行提交和Windows工作站提交，三种方式都可以帮你完整的提交运行您的作业。您可以点击下方的tab栏进行切换查看各种提交方式。

命令行提交

Windows工作站提交

导入作业案例

点击导入作业案例后，北鲲云会生成默认的yank案例。

点击输出文件，可以查看到相关的作业配置，或者修改改作业名。点击复制到作业管理列表，即可将作业复制到您的北鲲云作业列表中。

在作业管理列表，操作栏点击提交，进入到作业提交页面，点击提交作业后，即作业提交完成。页面跳转带任务执行页面。

在任务执行页面，您可以对作业进行取消，复制等等操作，具体操作见>基础功能的作业管理页面

通过命令行提交作业，需要创建管理节点，创建及连接操作见作业管理节点
节点创建成功后，我们就可以在管理节点提交作业。

进入管理节点后，我们需要找到所需要的软件。具体操作见作业管理节点

之后，我们需要将之前的加载软件命令与软件运行命令结合起，创建一个名为demo-yank的shell脚本来提交作业。内容如下：

#!/bin/bash

#SBATCH -N 1

#SBATCH -c 4

module add Anaconda3/2020.02

source activate

conda activate rdkit

#export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0

export OPENMM_CUDA_COMPILER=/public/software/.local/easybuild/software/CUDA/10.0.130/bin/nvcc

export LD_LIBRARY_PATH=/public/software/.local/easybuild/software/CUDA/10.0.130/lib64:$LD_LIBRARY_PATH

HOME_DIR=/home/cloudam/yank-examples/examples/binding/abl-imatinib

mkdir -p $HOME_DIR

cd $HOME_DIR

cp -rf /public/software/.local/easybuild/.examples/yank-examples/examples/binding/abl-imatinib/* .

build_mpirun_configfile "yank script --yaml=abl-explicit.yaml"

mpirun -f hostfile -configfile configfile

脚本创建后，我们需要输入命令启动作业，命令如下

sbatch -N 1 -n 1 -p g-t4-1 demo-yank.sh

其中，-N为节点的数量，这里输入的是1。-n为任务进程数量，这里为1。-p为选择的PARTITION，这里使用的是白鲸（g-t4-1）。

如上图所示。任务提交成功，jobid为28.

任务提交后，可以查看任务的详情，节点状态等。具体操作见作业管理节点

通过桌面工作站提交，需要创建桌面工作站节点，创建及连接操作见桌面工作站
节点创建成功后，我们就点击连接就可以来到桌面工作站页面。

进入桌面工作站节点后，通过网络，安装执行任务所需要的软件。

我们也可以通过本地电脑向桌面工作站传输文件。点击下方的文件栏，再点击我的电脑。可以看见多个硬盘。本地磁盘c：是当前桌面工作站的硬盘，前面的2个硬盘分布对应了我们本地电脑的c盘和d盘。这样，我们就可以通过简单的移动或者复制，把需要的文件传输到桌面工作站中。

查看作业输出文件

待作业执行完成后，我们可以在多个页面获取到作业的输出文件，详情见查看作业输出文件