Amber

本示例说明如何在云超算平台上运行作业，平台目前支持两百多种软件，您可根据自己的需求选择自己所需的软件和计算文件；本次使用软件是以Amber为例。Amber是著名的分子动力学软件，用于蛋白质、核酸、糖等生物大分子的计算模拟。Amber也指一种经验力场(empirical force fields)。

本页目录

作业配置

输入文件	initial.in
软件版本	Amber1.9
命令	sbatch -N 1 -n 1 -p g-t4-1 demo-amber.sh
建议硬件	白鲸/1卡4核15G/1总卡数

作业提交方式

本软件的作业提交方式有三种，分别为界面提交，命令行提交和Windows工作站提交，三种方式都可以帮你完整的提交运行您的作业。您可以点击下方的tab栏进行切换查看各种提交方式。

命令行提交

Windows工作站提交

导入作业案例

Step 1. 选择软件

Step 2. 选择Amber模板，Amber模板有CPU并行，GPU单节点，MPI并行等。

Step 3. 配置模板参数，传入输入文件。

Step 4. 硬件选择白鲸，总卡数为1。

Step 5. 提交作业。

Step 6. 作业结果。可以在下方点击查看结果文件，日志文件等。

通过命令行提交作业，需要创建管理节点，创建及连接操作见作业管理节点
节点创建成功后，我们就可以在管理节点提交作业。

进入管理节点后，我们需要找到所需要的软件。具体操作见作业管理节点

之后，我们需要将之前的加载软件命令与软件运行命令结合起，创建一个名为demo-amber的shell脚本来提交作业。内容如下：

#!/bin/bash

module add Anaconda3/2020.02

source /public/software/.local/easybuild/software/amber/amber20_cuda/amber.sh

cd /home/cloudam/WT-con-3

#srun pmemd.cuda -O -i sander.in1 -o sander.out1 -p prmtop -c prmcrd -r mdrest1

#srun pmemd.cuda -O -i sander.in2 -o sander.out2 -p prmtop -c mdrest1 -r mdrest2

#pmemd.cuda -O -i sander.in3 -o sander.out3 -p prmtop -c mdrest2 -r mdrest3

#pmemd.cuda -O -i sander.in4 -o sander.out4 -p prmtop -c mdrest3 -r mdrest4

#pmemd.cuda -O -i sander.in5 -o sander.out5 -p prmtop -c mdrest4 -r mdrest5 -x mdcrd5

#pmemd.cuda -O -i sander.in6 -o sander.out6 -p prmtop -c mdrest5 -r mdrest6 -x mdcrd6

pmemd.cuda -O -i sander.in7 -o sander.out7 -p prmtop -c mdrest6 -r mdrest7 -x mdcrd7

脚本创建后，我们需要输入命令启动作业，命令如下

sbatch -N 1 -n 1 -p g-t4-1 demo-amber.sh

其中，-N为节点的数量，这里输入的是1。-n为任务进程数量，这里为1。-p为选择的PARTITION，这里使用的是白鲸（g-t4-1）。

如上图所示。任务提交成功，jobid为18.

任务提交后，可以查看任务的详情，节点状态等。具体操作见作业管理节点

通过桌面工作站提交，需要创建桌面工作站节点，创建及连接操作见桌面工作站
节点创建成功后，我们就点击连接就可以来到桌面工作站页面。

进入桌面工作站节点后，通过网络，安装执行任务所需要的软件。

我们也可以通过本地电脑向桌面工作站传输文件。点击下方的文件栏，再点击我的电脑。可以看见多个硬盘。本地磁盘c：是当前桌面工作站的硬盘，前面的2个硬盘分布对应了我们本地电脑的c盘和d盘。这样，我们就可以通过简单的移动或者复制，把需要的文件传输到桌面工作站中。

查看作业输出文件

待作业执行完成后，我们可以在多个页面获取到作业的输出文件，详情见查看作业输出文件