VASP

本示例说明如何在云超算平台上运行作业,平台目前支持两百多种软件,您可根据自己的需求选择自己所需的软件和计算文件;本次使用软件是以VASP为例, VASP是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。它是目前材料模拟和计算物质科学研究中最流行的商用软件之一。

本页目录

作业配置

输入文件
CONTCAR、INCAR、KPOINTS、POSCAR、POTCAR
软件版本VASP 5.4.4
命令sbatch -N 1 -n 24 -p c-24-2 demo-vasp.sh
建议硬件垂头鲨/24核24G/24总核心数

作业提交方式

本软件的作业提交方式有三种,分别为界面提交,命令行提交和Windows工作站提交,三种方式都可以帮你完整的提交运行您的作业。您可以点击下方的tab栏进行切换查看各种提交方式。

Docusaurus 命令行提交
Docusaurus Windows工作站提交
Step 1. 选择软件

cloudamE

Step 2. 选择terachem模板

cloudamE

Step 3. 配置模板参数,传入输入文件。

cloudamE

Step 4. 硬件选择垂头鲨,总核心数为24。

cloudamE

Step 5. 提交作业。

cloudamE

Step 6. 作业结果。可以在下方点击查看结果文件,日志文件等。

cloudamE

点击ssh连接后,进来是一个master节点,创建及连接操作见作业管理节点

Ansys

进入到上传文件目录下,创建一个名为vasp.sh脚本提交作业,命令如下:

#!/bin/bash
module add intel/2019b
export PATH=$PATH:/public/software/.local/easybuild/software/VASP/vasp/vasp.5.4.4/bin #软件安装路径,加载环境变量
ulimit -s unlimited
ulimit -l unlimited
mpirun vasp_std #使用mpi并行

脚本创建后,我们需要输入命令启动作业,命令如下

sbatch -N 1 -n 24 -p c-24-2 vasp.sh

其中,-N为节点的数量,这里输入的是1。-n为任务进程数量,这里为24。-p为选择的PARTITION,这里使用的是垂头鲨(c-24-2)。

Vasp

如上图所示。任务提交成功,jobid为26.

任务提交后,可以查看任务的详情,节点状态等。具体操作见作业管理节点

通过桌面工作站提交,需要创建桌面工作站节点,创建及连接操作见桌面工作站
节点创建成功后,我们就点击连接就可以来到桌面工作站页面。

Ansys

进入桌面工作站节点后,通过网络,安装执行任务所需要的软件。

我们也可以通过本地电脑向桌面工作站传输文件。点击下方的文件栏,再点击我的电脑。可以看见多个硬盘。本地磁盘c:是当前桌面工作站的硬盘,前面的2个硬盘分布对应了我们本地电脑的c盘和d盘。这样,我们就可以通过简单的移动或者复制,把需要的文件传输到桌面工作站中。

Ansys

查看作业输出文件

待作业执行完成后,我们可以在多个页面获取到作业的输出文件,详情见查看作业输出文件