VASP
本示例说明如何在云超算平台上运行作业,平台目前支持两百多种软件,您可根据自己的需求选择自己所需的软件和计算文件;本次使用软件是以VASP为例, VASP是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。它是目前材料模拟和计算物质科学研究中最流行的商用软件之一。
本页目录
作业配置
输入文件 | CONTCAR、INCAR、KPOINTS、POSCAR、POTCAR |
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软件版本 | VASP 5.4.4 |
命令 | sbatch -N 1 -n 24 -p c-24-2 demo-vasp.sh |
建议硬件 | 垂头鲨/24核24G/24总核心数 |
作业提交方式
本软件的作业提交方式有三种,分别为界面提交,命令行提交和Windows工作站提交,三种方式都可以帮你完整的提交运行您的作业。您可以点击下方的tab栏进行切换查看各种提交方式。
命令行提交
Windows工作站提交
Step 1. 选择软件
Step 2. 选择terachem模板
Step 3. 配置模板参数,传入输入文件。
Step 4. 硬件选择垂头鲨,总核心数为24。
Step 5. 提交作业。
Step 6. 作业结果。可以在下方点击查看结果文件,日志文件等。
点击ssh连接后,进来是一个master节点,创建及连接操作见作业管理节点
进入到上传文件目录下,创建一个名为vasp.sh脚本提交作业,命令如下:
#!/bin/bash
module add intel/2019b
export PATH=$PATH:/public/software/.local/easybuild/software/VASP/vasp/vasp.5.4.4/bin #软件安装路径,加载环境变量
ulimit -s unlimited
ulimit -l unlimited
mpirun vasp_std #使用mpi并行
脚本创建后,我们需要输入命令启动作业,命令如下
sbatch -N 1 -n 24 -p c-24-2 vasp.sh
其中,-N为节点的数量,这里输入的是1。-n为任务进程数量,这里为24。-p为选择的PARTITION,这里使用的是垂头鲨(c-24-2)。
如上图所示。任务提交成功,jobid为26.
任务提交后,可以查看任务的详情,节点状态等。具体操作见作业管理节点
通过桌面工作站提交,需要创建桌面工作站节点,创建及连接操作见桌面工作站
节点创建成功后,我们就点击连接就可以来到桌面工作站页面。
进入桌面工作站节点后,通过网络,安装执行任务所需要的软件。
我们也可以通过本地电脑向桌面工作站传输文件。点击下方的文件栏,再点击我的电脑。可以看见多个硬盘。本地磁盘c:是当前桌面工作站的硬盘,前面的2个硬盘分布对应了我们本地电脑的c盘和d盘。这样,我们就可以通过简单的移动或者复制,把需要的文件传输到桌面工作站中。
查看作业输出文件
待作业执行完成后,我们可以在多个页面获取到作业的输出文件,详情见查看作业输出文件