命令行提交作业
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要创建新作业,请单击屏幕左侧菜单 云超算平台-SSH连接
连接SSH节点
推荐使用web ssh网页连接的方式,以下几种连接方式需下载软件
进来之后看到是一个slurn集群Linux环境
进入管理节点后,可以使用module avail命令查看平台所有安装的软件,内容如下:
module avail
通过文件传输上传文件
上传输入文件后,需要进到输入文件目录下,创建一个名为namd.sh脚本提交作业,这里以NAMD软件为例,命令如下:
#!/bin/bash
module add NAMD/2.13-intel-2018b-mpi
ulimit -s unlimited
ulimit -l unlimited
mpirun namd2 apoa1.namd #配置文件
脚本创建后,我们需要输入命令启动作业,命令如下
sbatch -n 16 -p c-16-1 namd.sh
关于SLURM命令基础讲解,请参考此文档: http://120.77.149.83:4999/web/#/p/908ac3c8ad38fa845427b71283091a8e
作业状态详情
我们可以查看作业的详情,输入命令
squeue
计算结果
待作业执行完成后,我们可以在文件详情内容中找到输出文件的所在地。输入命令
scontrol show jobs
复制文件地址,使用cat命令,即可查看输出文件。
cat /home/cloudam/slurm-18.out
更多命令行提交详情见SSH连接节点使用